Für Schweine, insbesondere für organisierte Zucht- und Ferkelerzeugungsbetriebe bietet der Schweinegesundheitsdienst ein umfangreiches Hygieneprogramm zur Krankheits- bzw. Seuchenabwehr an. Seuchenfreie Betriebe erhalten ein Gesundheitszeugnis. Mit Fragen der Fruchtbarkeit ist diese Abteilung vor allem im Rahmen von Gewährschaftsfällen befaßt. Auch bei Maßnahmen zur Qualitätsverbesserung der Schlachtschweine wird diese Abteilung eingeschaltet.